В завершающие дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база японской императорской армии. В тот же вечер на базу напал гигантский ящер неизвестного происхождения — местные жители называли его Годзилла. Коити возвращается в Токио, разрушенный бомбардировками (его родители погибли, а от дома остались лишь руины), и пытается начать жизнь заново.
К нему присоединяется девушка, также потерявшая семью, с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Со временем жизнь постепенно налаживается: Коити работает в команде по разминированию в Токийском заливе. Однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё больше и опаснее.